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西表島には特別天然記念物のカンムリワシ、キシノウエトカゲ、島の森林地域のうち約3841haが国指定西表鳥獣保護区希少鳥獣生息地に指定されており、熱帯域の植物でミミモチシダ、熱帯系の生物が多く、花、八重山諸島に固有の動植物も数多い。そのうち2306haが特別保護地区である。これはイリオモテヤマネコやヨナクニカラスバト等の希少な野生鳥獣の保全を目的としている。そのうち浦内川の源流部が特別保護地区1786haである。10386haが西表石垣国立公園の特別地域に指定されており、天然記念物のセマルハコガメ、また、サキシマハブなど、珍しい動植物の宝庫である。ニッパヤシなどはこの島が北限になっている。